适能者继承光之巨人力量，对抗未知生命体并探究真相。
世界正遭受来自异生兽的隐形威胁，人类组织TLT为了消除公众记忆并秘密对抗异生兽而成立。高中生千树怜在一次异生兽袭击中，命运般地成为了代号为“奈克瑟斯”的奥特曼的第三代适能者。与其他奥特曼系列不同，奈克瑟斯的故事更加黑暗和成人向。怜不仅要面对日益强大的异生兽，还要应对TLT内部对奥特曼力量的怀疑与利用，以及适能者之间传承的宿命与悲剧。随着战斗的深入，怜逐渐接近了“来访者”的真相、异生兽的根源，以及诺亚奥特曼的最终形态，他必须在绝望的战斗中坚守希望，成为连接人类与光之未来的纽带。
本作被誉为奥特曼系列的“黑暗杰作”，叙事风格严肃深沉，探讨了恐惧、记忆、光明与黑暗等深刻主题。战斗场面写实激烈，设定复杂且富有哲学思辨色彩，是特摄作品中少有的艺术性极高的硬核科幻作品。